Horticulture Research刊发谢尚潜博士等人开发的在线数据库MDR

        2019年6月，《Horticulture Research》杂志刊发了刘照宇、邢剑锋、陈伟、栾美薇、谢尚潜(通讯作者)、肖传乐(共同通讯作者)合作的研究性文章《MDR: an integrative DNA N6-methyladenine and N4-methylcytosine modification database for Rosaceae》(文章链接：https://www.nature.com/articles/s41438-019-0160-4)。

       海南大学环南海陆域生物多样性研究中心为该论文第一完成单位。

       蔷薇科作为园艺植物的一个重要科属，包含了2500多个种，具有重要的观赏和食用价值等价值。该项研究收集了目前所有已开放的蔷薇科三代测序数据，首次在蔷薇科植物中破译DNA-6mA和DNA-4mC修饰图谱，揭示了其在基因组功能区中的分布特征，并整合蛋白编码基因信息探析其在基因表达中的作用。主要工作包括了蔷薇科林地草莓(Fragaria vesca)和月季(Rosa chinensis)在染色体、样本和基因三个水平的DNA-6mA和4mA的甲基化差异，以及甲基化位点保守性Motif和GO功能富集分析(图1)。

       为了将所研究结果更好地展现和服务于相关领域的科研工作人员，该论文基于DNA甲基化分析结果，开发了首个蔷薇科6mA和4mC的在线数据库MDR (mdr.xislab.org)。MDR提供全基因组DNA-6mA和DNA-4mC甲基化信息的存储、浏览、搜索和比较功能(图2)，实现DNA甲基化位点的在线可视化和表达分析。随着越来越多的蔷薇科三代测序产生，MDR数据库也将不断更新和完善，有望为园艺植物蔷薇科表观遗传学研究发挥积极作用。